bgzip - Blok sıkıştırma/açma programı
bgzip [-cdfhikrt] [-b virtualOffset] [-I index_name] [-l compression_level] [-s size] [-@ threads] [file]
Bgzip, dosyaları gzip(1) ile benzer ve onunla uyumlu bir şekilde sıkıştırır. Dosya, bir dizi küçük (64K'dan küçük) 'BGZF' bloğu halinde sıkıştırılmıştır. Bu, dizinlerin sıkıştırılmış dosyaya göre oluşturulmasına ve tüm dosyanın sıkıştırmasını açmak zorunda kalmadan verilerin bazı kısımlarını almak için kullanılmasına olanak tanır.
Komut satırında herhangi bir dosya belirtilmezse, bgzip standart girdiyi standart çıktıya sıkıştırır (veya -d seçeneği kullanılıyorsa sıkıştırmayı açar). Bir dosya belirtilirse, sıkıştırılır (veya -d ile açılır). -c seçeneği kullanılırsa, sonuç standart çıktıya yazılır, aksi takdirde bgzip sıkıştırıldığında .gz son ekiyle yeni bir dosyaya yazılır ve orijinali kaldırır. Girdi dosyasını açarken, çıktı adını oluşturmak için kaldırılacak olan bir .gz son ekine sahip olmalıdır. Sıkıştırmayı açma işlemi tamamlandıktan sonra girdi dosyası kaldırılacaktır.
Giriş bir metin dosyası olduğunda Bgzip, BGZF bloklarının yeni bir satırda sonlanmasını sağlamaya çalışır. Bunun istisnası, tek bir satırın bir BGZF bloğundan (64Kb) daha büyük olduğu durumdur. Bu, bir bloğun başlangıcı aynı zamanda bir metin kaydının başlangıcı olabileceğinden, sıkıştırılmış akış üzerinde rasgele erişim gerçekleştirmek için dizini kullanan araçlara yardımcı olabilir.
Bu seçenek, metin dosyalarını ikili içerikmiş gibi işler ve yeni satırların konumunu yok sayar. Bu aynı zamanda metin dosyalarının davranışını bgzip 1.15 ve öncesi sürümlere geri yükler.
Sanal dosya konumundan (0 tabanlı sıkıştırılmamış ofset) standart çıktıya sıkıştırmayı açın. -c ve -d'yi ima eder.
Standart çıktıya yaz, orijinal dosyaları değiştirmeden tut.
Sıkıştırın.
Sormadan dosyaların üzerine yazın veya bilinen bir sıkıştırma dosya adı uzantısına (ör. .gz) sahip olmayan dosyaları sormadan açın. Her ikisini de sormadan yapmak için iki kez --force kullanın.
Eşleşen blok ofsetleriyle sıkıştırılmış bir dosya oluşturmak için mevcut bir dizini kullanmayı deneyin. Dizin, -I file.gzi seçeneği kullanılarak belirtilmelidir. Bunun, orijinal dosyayı oluştururken kullanılanla aynı sıkıştırma kitaplığı ve düzeyinin kullanıldığını varsaydığını unutmayın. Ne yaptığınızı bilmiyorsanız kullanmayın.
Bir yardım mesajı görüntüler.
Sıkıştırırken bir BGZF dizini oluşturun. -I seçeneği kullanılmadığı sürece, bu sıkıştırılmış dosyanın adına .gzi eklenmiş olarak sahip olacaktır.
Dizin dosyası adı.
İşlem sırasında girdi dosyasını silmeyin.
Sıkıştırırken kullanılacak sıkıştırma düzeyi. Sıkıştırma kitaplığı tarafından ayarlanan varsayılan düzey için 0'dan 9'a veya -1'den. [-1]
Dizini mevcut bir sıkıştırılmış dosyada yeniden oluşturun.
INT baytlarını (sıkıştırılmamış boyut) standart çıktıya açın. -c anlamına gelir.
Sıkıştırılmış dosyanın bütünlüğünü test edin.
Kullanılacak iş parçacığı sayısı [1].
Bgzip tarafından yazılan BGZF biçimi, http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf adresinde bulunan SAM biçimi belirtiminde açıklanmıştır.
Sıkıştırılmış dosyaların birleştirilmesini sağlayan bir gzip özelliğini kullanır. Giriş verileri, sıkıştırmadan önce ve sonra (sıkıştırma başlıkları dahil) 64 kilobayttan büyük olmayan bloklara bölünür. Her blok bir gzip dosyasına sıkıştırılır. Gzip başlığı, 'BC' tanımlayıcısına ve tüm başlıklar dahil olmak üzere sıkıştırılmış bloğun uzunluğuna sahip fazladan bir alt alan içerir.
Dizin formatı, bir BGZF dosyasındaki sıkıştırılmış ve sıkıştırılmamış ofset çiftlerini listeleyen bir ikili dosyadır. Her sıkıştırılmış ofset, bir BGZF bloğunun başlangıcına işaret eder. Sıkıştırılmamış ofset, sıkıştırılmamış veri akışındaki karşılık gelen konumdur.
Tüm değerler, küçük endian 64 bitlik işaretsiz tamsayılar olarak saklanır.
Dosya içeriği şunlardır:
uint64_t number_entriesardından number_entries çiftleri gelir:
uint64_t compressed_offset
uint64_t uncompressed_offset# Compress stdin to stdout
bgzip < /usr/share/dict/words > /tmp/words.gz
# Make a .gzi index
bgzip -r /tmp/words.gz
# Extract part of the data using the index
bgzip -b 367635 -s 4 /tmp/words.gz
# Uncompress the whole file, removing the compressed copy
bgzip -d /tmp/words.gzBGZF kitaplığı orijinal olarak Bob Handsaker tarafından uygulandı ve uzaktan dosya erişimi ve bellek içi önbelleğe alma için Heng Li tarafından değiştirildi.
gzip(1), tabix(1)